« L'incident de Black Mesa » Les évènements de l'Incident de Black Mesa sont déclenchés lors d'une expérience de routine menée par l'équipe des Matériaux Anormaux dans le Secteur C, Chambre de tests C-33/a. Lorsque l'assistant-chercheur
Gordon Freeman pousse un échantillon cristallin dans le faisceau d'un
spectromètre de masse surchargé, l'expérience entraîne une résonance en chaîne, qui occasionne de sérieux dégâts à toute l'infrastructure du centre et à ses communications, tant extérieures qu'intérieures.
Au même moment, la résonance en chaîne provoque l’ouverture de déchirures dimensionnelles, téléportant ainsi des créatures intelligentes et de la faune sauvage du monde Xen. Les créatures commencent alors à attaquer le personnel du centre, causant le chaos dans Black Mesa, et poussant les habitants du centre à tenter de s'enfuir par tous les moyens possibles.
Peu après la résonance en chaîne, les soldats de l'Unité de Combat en Environnement Hostiles (Hazardous Environnement Combat Unit - HECU) entrent dans Black Mesa, avec pour ordres de maîtriser l'incident en tuant les créatures extra terrestres et en réduisant au silence le personnel civil du centre. Si les soldats remportent d'abord un succès, leur avantage diminue ensuite, face aux attaques incessantes des créatures de Xen, du service de sécurité et de
Gordon Freeman.
Aidé par le personnel survivant du centre et équipé de sa combinaison de protection en milieux hostiles, Freeman engage le combat à travers le centre, tuant de nombreux soldats et détruisant du matériel militaire, tel que des tanks, hélicoptères, mitrailleuses automatiques et mines à détection laser.
Comme les créatures de Xen gagnent constamment du terrain dans le centre et infligent toujours plus de dégâts aux militaires, l'UCEH commence une hâtive et incomplète évacuation, laissant la situation aux Black Ops, qui commencent à exécuter les quelques survivants abandonnés de l'UCEH et du personnel du centre. Les Black Ops, subissant d'importants dommages de la part des nouvelles créatures de Xen vont finalement évacuer le centre.
Depuis les premiers instants de l'incident, plusieurs membres de l'équipe scientifique travaillent depuis le Complexe Lambda (relativement épargné par la catastrophe) pour tenter de fermer les failles dimensionnelles entre Black Mesa et Xen, en lançant en orbite un
satellite géostationnaire. Finalement, le docteur Freeman atteint le Complexe Lambda et, après avoir réactivé le réacteur nucléaire, est téléporté sur Xen.
Le centre de Black Mesa par lui-même est endommagé par la résonance en chaîne et l'invasion de Xen qui en résulte, et subit de sérieux dommages suite à l'occupation militaire. Bien que le sort final de Black Mesa reste inconnu, il apparaît qu'une grande partie du centre est détruite par une tête nucléaire installée profondément dans le centre par les Black Ops à la fin d'
Half-Life: Opposing Force.
Bien que la majorité du personnel de Black Mesa soit décédé dans le centre lui-même, plusieurs membres de l'équipe scientifique et du service de sécurité ont survécu et ont pu s'enfuir. Le
Docteur Gordon Freeman est téléporté sur Xen par l'équipe Lambda et ne retourne pas à Black Mesa, acceptant, contraint et forcé, d'être employé par le mystérieux
G-Man qui le place en stase. Le Docteur Wallace Breen, l'administrateur du centre, s'enfuit par des moyens inconnus. Le Docteur Isaac Kleiner, un membre de l'équipe Lambda, réussit à s'enfuir, tout comme le Docteur Eli Vance, un haut scientifique des équipes des Matériaux Anormaux et Lambda, sauvant avec lui sa jeune fille Alyx. L'agent de sécurité Barney Calloun s'enfuit avec le Docteur Rosenberg, un haut scientifique à l'origine du premier projet de téléportation, et deux autres scientifiques (Walter Bennett et Simmons) dans un 4x4 de Black Mesa, peu après l'incident, après s'être téléportés hors du centre en utilisant un vieux prototype de téléporteur. Le caporal Adrian Shepard, un soldat de l'UCEH, après avoir combattu un énorme extra terrestre est détenu par le
G-Man dans un endroit où il ne lui sera plus possible de « faire du mal ». Aucune information n'indique que d’autres personnels de Black Mesa se sont enfuis.
Il n'est pas facile de voir clair dans les agissements de l'équipe Lambda, en particulier en ce qui concerne le lancement du satellite, destiné à aider la fermeture des failles dimensionnelles. Ironiquement, il semble possible que le satellite ait empiré les effets de l'incident. Certaines théories circulent selon lesquelles le satellite a servi de coordinateur spatial pour les forces de Xen sur la Terre. On peut également penser que ce satellite est à l'origine des évènements survenus dans Half-Life 2 puisqu'il aurait été utilisé par le Cartel pour créer des portails dimensionnels, permettant ainsi à son armée de pénétrer en masse dans la dimension terrienne. Mais ces hypothèses sont à vérifier.
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